Als letzter zu realisierender Fernbahnhof der Deutschen Bahn im so genannten Pilzkonzept, innerhalb des Investitionsprogramms “Verkehrsprojekte Deutsche Einheit”, ist der Ausbau des ehemaligen Bahnhofs Papestraße 2006 fertig gestellt worden.
Die städtebauliche Figur des Bahnhofs Südkreuz ergibt sich aus der schiefwinkligen Überschneidung der beiden anzuschließenden Bahntrassen. Die untere Gleisebene des Regional- und Fernverkehrs wird durch die S-Bahn-Trasse überbaut, die so zur Verteilerebene wird. Die Haupthalle der S-Bahn stellt durch ihre transparente Glashülle und den beiden durchgängigen Eingangshallen im Osten und Westen eine attraktive Verbindung zwischen den beiden Bereichen her.